Illumina OmniExpress

Moderator: MOD_DNA

Svar
6691
Innlegg: 73
Registrert: 16. februar 2005 kl. 22.13
Sted: TROMSØ
Kontakt:

Illumina OmniExpress

Legg inn av 6691 » 23. februar 2011 kl. 21.26

Jeg gav for noe dager siden beskjed til FTDNA at jeg ønsket å være med på den omorganiseringen av Family Finder som var annonsert.

Et foreløpig resultat kom i dag: Jeg fikk inn to nye "slektninger", den ene trolig ganske nær (Close and Immediat), hvilket skulle bety ca. firemenning. Den andre var mer fjern (femmenning), altså det som FTDNA kaller "Speculative". I tillegg var det beste treffet fra den forrige utkjøringen fortsatt med.

Men resten de de 26 treffene fra forrige måte å organisere treffene på, var fjernet. Hva betyr egentlig dette? Vil alle "speculative" navn likevel - etter hvert - komme opp, eller er testen nå så "god" at fem- og seksmenninger ikke lenger blir registrert.

Brukeravatar
23999
Innlegg: 483
Registrert: 22. juni 2009 kl. 16.25
Sted: GAMLE FREDRIKSTAD

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av 23999 » 28. februar 2011 kl. 19.47

Family Tree DNA holder på å endre teste-plattform (system) for Family Finder-testen, og gjør dermed ny testing for alle som allerede har testen. For å få dette unnagjort så snart som mulig kunne man logge inn på FTDNA og "bestille oppgradering" (det koster ikke noe). Da skal re-testingen ta to-tre uker. Alle blir re-testet innen 6-8 uker.

Denne omleggingen er nok også årsak til en del forsinkelser for dem som har bestilt Family Finder de siste to månedene. Nå blir alle testet gjennom det nye systemet, som skal gi bedre fleksibilitet på sikt. Vi vil ikke merke mye forskjell, annet enn at nye treff har vært forsinket, og nok vil drøye 6-8 uker til før alle er gjennom den nye testemetoden.

Som nevnt blir alle som har tatt Family Finder-test flyttet over til det nye systemet, uavhengig av om man går inn og "bestiller" for rask overflytting eller om man venter.

Det altså ikke snakk om noen egentlig "oppgradering" av testene, men bytte av testemaskin. Uansett om man logget inn og "bestilte" innen fristen 16. februar eller ikke gjør noen ting, vil alle bli re-testet. De som meldte seg innen 16. februar kom først i køen, trolig i den rekkefølge de ble lagt inn. Det er bare et fåtall av de gamle som har fått resultater med det nye systemet ennå, dermed fremdeles svært få treff via Illumina OmniExpress ennå. Jeg antar det vil komme en god del flere i kommende uke.

Resultatene vil tikke inn sakte, men sikkert over de neste uker, for alle de "gamle" er i prosess med å testes på nytt.

De fleste med hovedsaklig norske aner ser ut til å få minst 25-50 treff, og jeg er spent på hvordan det blir nå med en del nye som kommer til også. Vi "gamle" testere får ikke opp match med noen av dere nye før våre tester er gjennom re-test.

I overgangsfasen får de som er re-testet opp to versjoner av Family Finder-verktøyet, med treff for de nye innen det nye formatet. Etter hvert vil alle være overført.

* Gammel chip (testesystem): Affymetrix
* Ny chip (testesystem): Illumina OmniExpress
Anne M Berge
Moderator: DNA
Les dette før du poster din melding
Admin for Norgesprosjektet DNA

6691
Innlegg: 73
Registrert: 16. februar 2005 kl. 22.13
Sted: TROMSØ
Kontakt:

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av 6691 » 28. februar 2011 kl. 20.47

Fint, jeg begynte etter hvert å innse at det var slik det henger sammen - de "gamle" resultatene vil dukke opp etter hvert som prosessen fullføres.

Brukeravatar
23999
Innlegg: 483
Registrert: 22. juni 2009 kl. 16.25
Sted: GAMLE FREDRIKSTAD

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av 23999 » 28. februar 2011 kl. 21.23

Jeg er i alle fall spent på min families tester og hvordan de ser ut i den nye analysen.

Den nye varianten av Population Finder (en del av Family Finder-testen) er jeg også svært spent på hvordan blir - der har de visst igjen en del arbeid før det kommer noe, så den delen kan ta lang tid. I forrige utgave var nesten alle mine "100 % europeisk" altså ikke spesielt informative.

Og jeg håper de kommer med mange nye resultater i kveld, amerikansk tid - det hender de legger ut på mandag kveld.

:)
Anne M Berge
Moderator: DNA
Les dette før du poster din melding
Admin for Norgesprosjektet DNA

6691
Innlegg: 73
Registrert: 16. februar 2005 kl. 22.13
Sted: TROMSØ
Kontakt:

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av 6691 » 1. mars 2011 kl. 9.20

Samme her. Poputation Finder sier egentlig ingenting, ettersom resultatet foreløpig er 100 % europeisk.

gj13330
Innlegg: 127
Registrert: 1. mars 2011 kl. 12.50
Sted: OSLO
Kontakt:

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av gj13330 » 1. mars 2011 kl. 12.52

Anne M. Berge skrev:Den nye varianten av Population Finder (en del av Family Finder-testen) er jeg også svært spent på hvordan blir - der har de visst igjen en del arbeid før det kommer noe, så den delen kan ta lang tid.


Det har blitt sagt på FTDNA-forumet at den kommer denne uka. :)

dn18250
Innlegg: 98
Registrert: 30. mars 2008 kl. 21.44
Sted: TOMTER

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av dn18250 » 1. mars 2011 kl. 14.59

For meg har kanskje population Finder sagt noe mer med 78.96% Western Europa og 21.04 North East Europa.
Jeg kjenner til at jeg har aner til Finland og jeg har fått mange treff med distant cousins som har aner fra Baltikum, Polen Russland, Tsekkia, Tyskland.
Hvem av disse landene inngår i North East Euorpa. Hva med Øst Tyskland, Pommern/Preussen?

gj13330
Innlegg: 127
Registrert: 1. mars 2011 kl. 12.50
Sted: OSLO
Kontakt:

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av gj13330 » 7. mars 2011 kl. 23.10

Ny info om Population Finder:
As we transition to the Illumina Omni Express platform, we are taking this opportunity to refine our calculations for Population Finder. We will now be using almost three times as many data points to predict your ethnic percentages as we compare your results against over 60 reference populations across the globe. We are excited about this advancement and appreciate your patience as we work through the math. We are working diligently to upload your results as soon as possible, but our primary concern is delivering quality results.

Brukeravatar
23999
Innlegg: 483
Registrert: 22. juni 2009 kl. 16.25
Sted: GAMLE FREDRIKSTAD

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av 23999 » 8. mars 2011 kl. 13.30

Hans Petter Engh skrev:For meg har kanskje population Finder sagt noe mer med 78.96% Western Europa og 21.04 North East Europa.
Jeg kjenner til at jeg har aner til Finland og jeg har fått mange treff med distant cousins som har aner fra Baltikum, Polen Russland, Tsekkia, Tyskland.
Hvem av disse landene inngår i North East Euorpa. Hva med Øst Tyskland, Pommern/Preussen?


Jeg skrev i et tidligere emne, og dette gjelder altså dem som testet før januar 2011 via den gamle metoden, Affymetrix:
Anne M. Berge skrev:Her er en liste over hvilke populasjoner som blir brukt til å estimere etnisk opphav:
https://www.familytreedna.com/faq/answe ... id=22#1039

Europe
Northeast European
Finnish
Russian/Caucasus
Adygei
Russian
Southeast European
Romanian
Southern European
Italian
Sardinian
Tuscan
Western European
Basque
French
Orcadian
Spanish

Alt dette er fra seriøs forskning, og de fleste resultatene kommer fra Human Genetic Diversity Project ved University of Stanford, som ikke eksisterer lenger - forskningen ble muligens avbrutt fordi man var redd for å bli beskylt for rasetenkning. Det fins også noen andre resultater i databasen, men som dere ser på listene er det ingen fra Skandinavia, og ingen fra de britiske øyer generelt. Det nærmeste er "Orcadians" altså Orknøyene, hvor befolkningen er en blanding av nordisk og britisk/keltisk.

Når du får høyere "treff" med en vest-europeisk befolkning betyr det at det er større likhet med denne. Generelt "European" forteller bare at det spriker for mye mellom de grupperingene inne Europa som er listet i dag til å plassere nærmere.

Det vi trenger er mer forskning på skandinavisk DNA. Det er flere innen DNA-forumene som etterlyser nettopp en skandinavisk referansegruppe.

Denne testen tar utgangspunkt i de ca 500 000 autosomale SNPs fra Family Finder testen, og Y-DNA og mt-DNA har altså ikke noe å si for utfallet.


Som Kai Ove påpekte, oppdaterte FTDNA i går opplysningene sine for alle som venter på oppgradering til Illumina, om at de utvider Population Finder-delen til en bedre referansegruppe - som flere av oss hadde håpet på.

Det fins noe mer informasjon om Population Finder i dette emnet.
Anne M Berge
Moderator: DNA
Les dette før du poster din melding
Admin for Norgesprosjektet DNA

dn18250
Innlegg: 98
Registrert: 30. mars 2008 kl. 21.44
Sted: TOMTER

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av dn18250 » 15. mars 2011 kl. 11.34

Jeg har fått melding ifra TFDNA at min retest skjer på nytt den 13. april på grunn av at den første retesten A viste for dårlig resultat.
Dersom det ikke kommer frem et godt nok resultat på A og 2xB d.v.s tre tester vil de sende meg et nytt skarpesett for ny prøve.

Er det flere som har fått denne beskjeden ved pålågging hos FamilyFiander FTDNA?

Brukeravatar
23999
Innlegg: 483
Registrert: 22. juni 2009 kl. 16.25
Sted: GAMLE FREDRIKSTAD

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av 23999 » 22. mars 2011 kl. 21.48

Hans Petter: Jeg har ikke hørt om andre som har samme problem, men FF-oppgraderingen/konverteringen står ikke på listene våre over "pending lab results" så disse har vi ikke oversikt over.
Anne M Berge
Moderator: DNA
Les dette før du poster din melding
Admin for Norgesprosjektet DNA

dn18250
Innlegg: 98
Registrert: 30. mars 2008 kl. 21.44
Sted: TOMTER

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av dn18250 » 13. april 2011 kl. 9.42

Retestingen min er ferdig og jeg har fått ca. 20 cousintreff hvorav to er som 4th cousins
I den gamle plattformen fikk jeg totalt 80 treff.
Shared cM og Longest block har også endret seg for enkelte jeg har fått treff med tidligere

Det er anført at jeg er 87.74% western European(Orcadian)
og 12.16% Europe(Russian, finnish)

Jeg har også lastet ned mine paternal og maternal slektslinjer hos FTDNA og anbefaler andre om å gjøre det samme. Jeg har fått treff med en person som tilhører Prytz ætten ifra Røros som også har lastet ned sin GEDCOM fil og jeg kunne raskt finne ut at vi møtes i 8-11 generasjon.
Det fremkom flere felles aner.

Brukeravatar
23999
Innlegg: 483
Registrert: 22. juni 2009 kl. 16.25
Sted: GAMLE FREDRIKSTAD

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av 23999 » 13. april 2011 kl. 11.23

Jeg ser også at det er en del endringer i treffene med overgangen fra Affymetrix til Illumina. Noen av disse virker merkelige, og jeg vurderer å melde fra til FTNDA for å få dem til å se på det, men avventer dette til alle er gjennom re-testingen. De fleste nære treff ( > 10 cM) ser ut til å være de samme, men de fjerne treffene (som kan være svært svært langt tilbake) kan være endret.

Dine Population Finder-resultater ser ut til å være typiske for nordmenn med en andel svenske/finske aner, mens de fleste nordmenn med vestlandsbakgrunn kommer opp so 100 % Orkney/Orcadian. Vi ønsker oss alle skandinavisk referansegruppe. :?

For øyeblikket fins ingen referansegruppe/sammenligning med folk fra Skandinavia, Tyskland, Nederland, Polen, så vi blir "målt" mot disse:
* Finnish
* Russian
* Basque
* French
* Orcadian (Orkney Islands)
* Spanish

Siden befolkningen på Orkney består av en britisk-skandinavisk miks er dette den som er nærmest for de fleste.

Doug McDonald og andre eksperter mener det er svært svært vanskelig å finne genetiske skiller innen de folkegruppene som mangler i det sentrale Europa, så det er ikke sikkert vi får det mer nøyaktig enn dette på lenge.

I likhet med Hans-Petter her oppfordrer jeg alle som har tatt Family Finder-test til å laste opp en GEDCOM til FTDNA-siden sin. Denne er kun synlig for dem man har treff med, og gjør det mye enklere å finne fram til felles aner. :)

Oppskrift for å kamuflere de næreste generasjonene fins her.
Anne M Berge
Moderator: DNA
Les dette før du poster din melding
Admin for Norgesprosjektet DNA

gj13330
Innlegg: 127
Registrert: 1. mars 2011 kl. 12.50
Sted: OSLO
Kontakt:

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av gj13330 » 13. april 2011 kl. 11.29

Anne skrev:Jeg ser også at det er en del endringer i treffene med overgangen fra Affymetrix til Illumina. Noen av disse virker merkelige, og jeg vurderer å melde fra til FTNDA for å få dem til å se på det, men avventer dette til alle er gjennom re-testingen. De fleste nære treff ( > 10 cM) ser ut til å være de samme, men de fjerne treffene (som kan være svært svært langt tilbake) kan være endret.

Ettersom Illumina og Affymetrix ikke sjekker de samme markørene (selv om de fleste overlapper) kan det skje at man "mister" treff i konverteringen. Det er anbefalt fra FTDNA å lagre all informasjon fra Affymetrix ettersom de har planer om å fjerne det fra nettsiden etter hvert.

Dette har forøvrig skapt heftig diskusjon på forumene til FTDNA, så vi får se om de tar det til etterretning.

Brukeravatar
23999
Innlegg: 483
Registrert: 22. juni 2009 kl. 16.25
Sted: GAMLE FREDRIKSTAD

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av 23999 » 13. april 2011 kl. 11.50

Vi får håpe de lar Affy-listene stå. I alle fall svært viktig å laste ned sine rådata, siden det er testet andre SNPs der enn på Illumina.
Anne M Berge
Moderator: DNA
Les dette før du poster din melding
Admin for Norgesprosjektet DNA

dn18250
Innlegg: 98
Registrert: 30. mars 2008 kl. 21.44
Sted: TOMTER

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av dn18250 » 3. mai 2011 kl. 14.25

FTDNA opplyser nå at konverteringen til Illumnia Omniexpress er ferdig og at affymetrix blir slettet tirsdag den 10. mai.

Jeg antar at det er viktig å lagre treffene jeg har fått i Afymetrix da treffene er personer jeg har en felles ane med i fortiden.

Jeg er litt forundret over at jeg kun har fått treff med 22 personer i Illumnia mot 80 i Affymetrix.
Av nevnte 22 har jeg fått treff med 6 personer fra Affymetrix.

Jeg er også forundret over at Chromosom browser viser forskjellige resultater for nevnte 6 personer i Afymetrix kontra Ilumnia.

Brukeravatar
Vidar Sigurd Øverlie
Innlegg: 1337
Registrert: 19. oktober 2004 kl. 17.54
Sted: LARVIK

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av Vidar Sigurd Øverlie » 5. mai 2011 kl. 21.44

Hei,

Jeg har også sammenlignet resultatene fra Illumnia OmniExpress og Affymetrix og gjort følgende observasjoner:

- Mine ”Close and Immediate” treff har økt fra 3 i Affymetrix til 4 i Illumnia OmniExpress. De 3 jeg har treff med i Affymetrix har jeg også treff med Illumnia OmniExpress.
- En sortering på ”Show All Matches” viser 24 treff i Affymetrix og 28 treff i Illumnia OmniExpress. Kun 8 av treffene i Affymetrix er med i Illumnia OmniExpress.
- Det er større samsvar mellom min anetavle basert på tradisjonell slektsforskning og Illumnia OmniExpress resultatene enn med Affymetrix.
- Illumnia OmniExpress treffene har en større andel med nordiske bidragsytere enn Affymetrix
- Minimum antall generasjoner tilbake til felles ane er typisk 2-4 generasjoner mer enn hva FTDNA anslår. De fleste kjente treffene er 7-9 generasjoner tilbake.

Det kan se ut som om Illumnia OmniExpress er et mer nøyaktig verktøy enn Affymetrix så FTDNA sitt valg er nok ikke uten grunn.

Med Illumnia OmniExpress har jeg fått 20 nye treff og personer å kontakte for å finne felles aner. Family Finder har vært et verktøy for meg for å komme i kontakt med andre slektsforskere som jeg har felles aner med. Således har det også resultert i nye aner for meg.
Vidar Øverlie

dn18250
Innlegg: 98
Registrert: 30. mars 2008 kl. 21.44
Sted: TOMTER

Re: Illumina OmniExpress

Legg inn av dn18250 » 6. mai 2011 kl. 9.25

I denne uken fikk jeg en email ifra en person i Sverige som meddelte at han hadde fått et treff med meg og jeg kunne ikke finne personen i mitt triangulatesøk.

Han lærte meg noe nytt og det er å søke via mitt kitnummer med bokstaven F foran i Gedmatch.com "Compare your FTDNA or 23andME results in our public databace" og i "Compare your X-Chromosome with one another...."

Jeg fikk fire fulle sider med treff hvor flere er svenske. Det angis Total CM, largest CM og Generation estimering.
Håper noen har mer kunnskap om informasjonen vi får og om generasjonsestimeringen har stort avvik i forhold til faktum?

Det viser seg at ikke alle har sendt sine råwdatafiler til Gedmatch og flere har utelatt X-DNA filen.
Skal vi kunne komme et steg videre i å sammenligne med hverandres treff så må slektstreet legges inn i FTDNA og alle rådata må inn i Gedmatch.com
Det kan ikke være noen vits i å bli med på Family Finder testen mener jeg dersom en ikke er interessert i å komme et steg videre
Det er noe som heter å få ut fingern.

Jeg har i løpet av noen få dager vært i kontakt med personer i USA og Sverige og i Sverige har jeg oppdaget at de har registrert mye av sin slekt slik at vi har et godt grunnlag til å komme videre. I USA kjenner svært få til slekten lenger tilbake enn til slutten av 1800 tallet. Noen kjenner til hvor i Europa deres aner kom ifra men det hjelper lite uten at slekten er registrert tilbake til slutten av 1600 tallet som et minimum.

Svar

Gå tilbake til «Autosomaltest/FamilyFinder»