National Geographic — Geno 2.0

[dn27099]

Det opprinnelige Genographic-prosjektet som begynte å samle data i 2005 har avsluttet datainnsamlingen og satte strek ved 524.384 deltakere i mer enn 140 land. Dette gjøres i det de lanserer neste versjon av prosjektet: Geno 2.0

Den nye versjonen gjør et stort skritt framover. Det er utviklet en egen test-brikke for prosjektet: GenoChip 2.0. Denne brikken tester 146.000 markører fra Y-DNA, X-DNA, mtDNA og autosomal DNA. Laboratoriearbeidet utføres som før hos FTDNA. Utsendingen nye testkit wer planlagt å starte om litt over tre måneder (30. oktober 2012).

Det ble åpnet for forhåndsbestilling hos National Geographic i dag, [tekst med feil fjernet 27.07.2012].

Genographic er et enormt prosjekt, og det at de har kostet på seg å designe en testbrikke spesielt for prosjektet gjør den neste fasen utrolig spennende.

For mer informasjon, se bl.a. bloggen til CeCe Moore: Your Genetic Genealogist
eller bloggen til Emily Aulicino: Genealem's Genetic Genealogyl
eller bloggen til Blaine Bettinger: The Genetic Genealogist

[gj13330]

For de som ønsker litt mer teknisk info, dette er fra en post fra David Reynolds i R-L21-prosjektet:

* Does not include STRs -- does not replace Y37/Y67/Y111 tests
* Does not predict family relationships -- does not replace Family Finder
* Is not a full mitochrondial sequence -- does not replace FMS
* Contains no medical information (avoid wrath of Big Brother)

* If pre-ordered from National Geographic, will ship no later than 30 Oct, but expected to go out in early September
* 6-8 weeks for results, no waiting list expected
* FTDNA customers will have the option to test an existing sample at an upgrade price. Link will appear on the myFTDNA page if the kit is eligible (late summer, early fall)

* Does replace the current Deep Clade tests
* No cost to transfer results from National Geographic to FTDNA
* 12,000 Y SNPs
* 3,352 mtDNA SNPs (if you see 32,000 referenced, they are referring to the number of probes necessary to accurately sample 3,352 mtDNA SNPs)
* Some 130,000 autosomal and X-chromosomal Ancestry Informative Markers, derived from roughly 450 populations around the globe
* Focus is deep ancestry, not finding relatives
* Raw data will be available for download
* Reference population data will be downloadable
* 400 WTY and 500 Y Samples were tested as proof of concept -- 5,291 new nodes found to add to the haplotree

Per Thomas Krahn:
* Cutoff on Y SNPs was rough Nov 2011; new DF, L, Z SNPs found after that won't be included [but will be in a future custom chip update]
* Not all "known" Y-SNPs will be available -- "not all SNPs can be typed on a chip"
* Spencer Wells has a paper pending; once that is published, information on markers being tested will be available via Thomas's db. [this fall for the paper??]

Kilde: http://tech.groups.yahoo.com/group/RL21 ... ssage/9919

[dn27099]

En kortversjon med hva som er relevant for slektsgranskning er at denne testen ikke erstatter Family Finder, men den tilbyr en mtDNA-test som er mer omfattende enn det 23andMe tilbyr, men langt fra noen FMS, og ikke minst - for Y-DNA omfatter den en Deep Clade av en helt ny klasse.

I praksis kan nok Y-DNA-delen av denne testen føre til en omfattende revisjon av treet for Y-DNA haplogrupper og undergrupper. Det er tusenvis av markører som ikke har vært med på noen omfattende testing tidligere, så det er umulig å forutsi hva resultatet av dette prosjektet vil bli.

Det er sagt at prosjektene, og dermed Norgesprosjektet, skal få tilgang til data fra de nye testene. Dermed vil Geno 2.0 kunne føre til flere medlemmer og flere opplysninger per medlem. Med andre ord er denne nyheten meget relevant for Norgesprosjektet.

Tillegginfo:

Roberta Estes har fått et kort Q&A med Bennett Greenspan.

En viktige detalj fra artikkelen til Estes:

Geno 2.0 kan bare kjøpes gjennom National Geographic, og vil ikke bli solgt direkte gjennom FTDNA.

Det vil bli mulig å overføre dine Geno 2.0 testresultater til brukerkonto hos FTDNA, og Geno 2.0 vil fungere som en Deep Clade test.

[Anne M. Berge]

Denne nye testen er svært interessant og spesielt er Y-DNA SNP-delen omfattende, som vist i innleggene over.

Testen er dyr ($199,95 pr. juli 2012) og lønner seg mest for menn (pga Y-DNA), så om man vil teste velg et mannlig familiemedlem.

Folk som allerede har testet store Y-DNA tester + mtDNA FMS (fullsekvens) har mindre å hente, så der kan det være mest interessant å teste et annet familiemedlem f eks i samme Y-DNA-gren (for å sammenligne og få flere SNPs) eller helt andre linjer.

Jeg håper alle som tester Geno 2.0 og har norske aner melder seg inn i Norgesprosjektet når resultatene kommer! Forhåpentligvis vil dette øke databasen vår.

[dn27099]

Testen er dyr ($199,95 pr. juli 2012) og lønner seg mest for menn (pga Y-DNA), så om man vil teste velg et mannlig familiemedlem.

Kvinner får antagelig langt mer ut av en full mtDNA når de er på salg, men for menn som verken har testet mtDNA eller en deep clade er det egentlig ikke noe å utsette på prisen.

Likevel, når det gjelder prisen så er den høy fordi den inneholder et bidrag til det forskningsprosjektet National Geographic driver med. Der tester de folk som slett ikke ville hatt råd til noen DNA-test.

Det skal være gratis å overføre resultatet av testen fra National Geographic til en vanlig bruekrkonto hos FTDNA, og det får vi håpe at kan gi litt rekruttering til Norgesprosjektet.

[dn10351]

Noen som kan hjelpe meg?

Når det står: * Cutoff on Y SNPs was rough Nov 2011; new DF, L, Z SNPs found after that won't be included [but will be in a future custom chip update]

Hvilke SNP kom etter nov. 2011 som vi ikke får svar på? Jeg har testet noen SNP allerede som var negative, men viss jeg ikke får svar på de andre alternative via Geno 2.0 fordi de er for nye blir dette bortkastet.

[dn27099]

Hvilke SNP kom etter nov. 2011 som vi ikke får svar på?

Det vet vi ikke, ennå. Det er sagt at det skal komme en vitenskapelig artikkel som bl.a. vil beskrive hvilke SNPer som er tatt med på GenoChip 2.0, og vi vil også få vite mer når de første testresultatene kommer - antagelig rundt jul eller nyttår.

Når det gjelder FTDNA er det mulig å finne ut hvor langt ut i nummerserien på Y-DNA SNPer de var kommet i november, men at en SNP var oppdaget i november betyr jo ikke at den faktisk virker på GenoChip 2.0. En annen ting er at samme SNP kan være oppdaget av flere laboratorier innenfor den tidsrammen det er snakk om her.

Inntil videre blir vel stalltipset å vente dersom du allerede har tatt en deep clade eller har gjort SNP-testing ut over det aller enkleste, og ikke er overmåte spent på hva mer den nye testen kan fortelle. For min egen del har jeg bestilt et testkit for å støtte prosjektet til National Geographic, men det er mer sannsynlig at en slektning får bruke testen enn at jeg tester meg selv.

[gj02415]

Det er sagt at det skal komme en vitenskapelig artikkel som bl.a. vil beskrive hvilke SNPer som er tatt med på GenoChip 2.0, og vi vil også få vite mer når de første testresultatene kommer - antagelig rundt jul eller nyttår.

Denne artikkelen skal visstnok bli publisert 6 November. Da vil kanskje de som var med i de preliminære undersøkelsene få publisert resultatene sine ikke så lenge etter.

[dn27099]

Denne artikkelen skal visstnok bli publisert 6 November. Da vil kanskje de som var med i de preliminære undersøkelsene få publisert resultatene sine ikke så lenge etter.

Jeg har notert meg at spenningen stiger, men det er verd å merke seg at i konferansen 6. november er presentasjonen av Geno 2.0 oppført som en "poster" og ikke "paper" - og da er det umulig å si hva som egentlig blir publisert. Nå skal det være en presentasjon i Italia fredag 9. og FTDNA har en konferanse 10. så vi får se hva uken bringer med seg av ny kunnskap.

[Anne M. Berge]

Geno 2.0 i Norgesprosjektet DNA

Etter at man har fått resultater er det viktig å bli med i Norgesprosjektet DNA. Det gjøres slik:

"Yes, you will be able to transfer your results to FTDNA. To transfer, click the "Profile" tab on your Genographic Results page, and click on the "Expert Options" tab on this page and you will see the link to transfer to FTDNA. You will need to read, agree to, and sign a Release form on their website for your data to be transferred to Family Tree DNA. If you are prompted for payment at any point in the process, please select the "Invoice" option and your transfer will be completed." Family Tree DNA customer service

Når man har fått kitnummer og passord, logg på Family Tree DNAs nettside.

Bli med i prosjektet slik:

1. logge inn med kitnr og passord på FTDNA
2. gå til "my FTDNA home"
3. klikke på "join projects" i venstremargen
4. søk på Norge el Norway, - eller scroll ned til "dual geographical projects", finn N og deretter Norway
5. Klikk på "Norway"-navnet
6. Klikk på "join" nede til høyre

Man kan være med i så mange prosjekter man ønsker, og vi anbefaler alltid å bli med i relevante haplogruppeprosjekter for Y-DNA og mtDNA i tillegg.

[dn27099]

Da har FTDNA formelt avviklet tilbudet om "deep clade" analyse av Y-DNA og erstattet dette med en lenke til National Geographic med en anbefaling om å bruke Geno 2.0 for å finne de ønskde data.

Det blir interessant å se hvor godt dette tilbudet vil selge, og spennende om det fører til at vi får registrert flere mtDNA-haplotyper i Norgesprosjektet. Den store ulempen er at slik som det fungerer i dag må sendes ut nytt prøvetakingsutstyr, noe som medfører litt ekstra heft og plunder og tar litt ekstra tid.

En positiv erfaring med Geno 2.0 er at det er lettere å få de litt skeptiske til å teste seg med Geno 2.0 fordi den i utgangspunktet er en anonym test. Forhåpentligvis vil det være lettere å overtale de samme til å overføre data til FTDNA med et psevdonym som brukernavn.

[Trond Øivindsson Lunde]

Har bestilt min test, kjenner en som har bestilt, og en som har testen til analyse.

[6691]

Jeg har nok sovet litt det siste halve året, med i går fikk jeg en mail fra Family Tree DNA, der jeg ble anbefalt å ta den nye testen til Geno 2.0. I mailen sto det bl.a.:

"It's in the yDNA testing that Geno 2.0is most useful. This test is a replacement for FTDNA's deep clade test, which has been discontinued. The deep clade test included perhaps a dozen or more SNPs in a specific haplogroup for $139. For $199, Geno 2.0 tests thousands of SNPs, many of which are not yet available at FTDNA. With these new SNPs, there are new subclades being found in many haplogroups. In the case of R1b-U106, as of April, the number of known subclades increased from 33 to 46; the number of private SNPs, specific to one surname, increased from 17 to 44. Through my Geno 2.0 results, I moved from R1b-Z326 into a new subclade, R1b-Z319. You can see the Geno 2.0 yDNA results for Sicily Project members by scrolling down our SNP page on the project websiteat http://www.familytreedna.com/public/Sic ... ction=ysnp ".

Nå har jeg sett at det har kommet en del motforestillinger mot Geno 2.0, og jeg lurer litt på hvordan de siste erfaringene har vært blant andre som har tatt deler av testen. Jeg har tatt følgende tester: Y-DNA67, Y-Refine67to111, Z18, Deep Clade-R, Family Finder + mtFullSequence. Testen på 111 markører kan jeg ikke si jeg har sett noen nytte av.
Resultatet på mine tester har vært: yDNA: R1b-U106+ Z18+ U198- P107- L48- L1- og mtDNA: T2b2b.

Spørsmålet er altså om det er hensiktsmessig å ta den testen som FTDNA anbefaler, eller om man like gjerne kan vente. $199 er jo ikke småpenger. (Kommer det rabatter på Geno 2.0?).

[dn27099]

Resultatet på mine tester har vært: yDNA: R1b-U106+ Z18+ U198- P107- L48- L1- og mtDNA: T2b2b.

Spørsmålet er altså om det er hensiktsmessig å ta den testen som FTDNA anbefaler, eller om man like gjerne kan vente. $199 er jo ikke småpenger. (Kommer det rabatter på Geno 2.0?).

Mår du allerede har tatt en fullsekvens mtDNA vil ikke Geno 2.0 bidra med mer.

For Y-DNA kan det hende at Geno 2.0 tester mer kostnadseffektivt enn prosjektadministratorene i Y-haplogruppe R1b-U106 og R-Z18 kan hjelpe deg med på grunnlag av haplotypen din. Dette må administratorene i disse prosjektene svare på selv. De vet om det jaktes på nye SNPer under R-Z18 blant Geno 2.0.

Listen over SNPer FTDNA har funnet selv er kort, og du finner den her:
http://ytree.ftdna.com/index.php?name=D ... t=99813084

[6691]

Takk for svaret.

En annen mail jeg fikk fra FTDNA, presiserer dette: "We expect to identify a number of subgroups in R-Z18 and hope to be able to give the historical background of each of the groups found and at the very least specify a likely geographic origin and, where applicable, a migrational path for each group".

Det betyr vel at jeg må spørre prosjektadministratorene nærmere om det har noen hensikt å kjøpe Geno 2.0 i forhold til de testene de planlegger for oppfølgningen av Z18.

[dn27099]

Det betyr vel at jeg må spørre prosjektadministratorene om det har noen hensikt å kjøpe Geno 2.0 i forhold til de testene de planlegger for oppfølgningen av Z18.

Det ble funnet noen nye SNPer i vinter, men jeg har ikke fått med meg noen oppfølging. Fra andre haplogrupper vet jeg at det nå og da har vært snakk om litt barnesykdommer for Geno 2.0 som lukes ut ganske raskt. Uansett, prosjektadministratorene vet hva situasjonen er, og om det rett og slett har vært litt laber interesse fra prosjektdeltagere. Noen prosjektadministratorer er nok i overkant optimistiske med hensyn til nye resultater fra Geno 2.0, og for en nordmnann kan Geno 2.0 bli dyrere enn ventet pga fortolling og mva. Du kan nevne for prosjektadministratorene at Geno 2.0 fort kan koste deg 300 dollar med porto, mva og ekspedisjonsgebyr.

Geno 2.0 tester så vidt jeg vet Z14 som er et drøyt år gammel og meget aktuell for deg.

[6691]

Som sagt ovenfor sendte jeg en forespørsel til en av de som er "Group Administrator" for R-Z18 (and subgroups) om jeg burde teste mitt yDNa ytterligere med Geno 2.0. Hans korte svar kom raskt - og han antyder et fyldigere svar seinere:

"Very quick answer just in case you decide to order before I can make a full reply, which won't be today".

NO !!!

Dave

[6691]

Dersom det har noen almen interesse, så fikk jeg denne utdypningen i dag fra "Group Administrator":

"Sorry for the quick reply last night.

As far as I can tell there is no point in ordering Geno2 since it has only a few SNPs under Z18 on it and nothing that will define your position any better than you already have with Z372 and L257.

Quite a few people in the project have ordered Geno2, though neither Peter nor myself pushed it, and nothing else was found.

FTDNA are working on the next flavour of Geno2 and I know this has new SNPs on it that will interest DF23+ folk (a branch of L21) but haven’t heard anything about Z18.

However there is a lot of new research going on at the moment with whole genomes and I'm sure it won't be too long before new opportunities present themselves".

[dn27099]

As far as I can tell there is no point in ordering Geno2 since it has only a few SNPs under Z18 on it and nothing that will define your position any better than you already have with Z372 and L257.

Det var jo en grei beskjed, og da er det egentlig bare å velge strategi for å teste en og en SNP.

Starter du med L257 så kan den bestilles rett fra siden "Haplotree & SNPs" under temaet Y-DNA. Når du har valgt denne siden kan du trykke på knappen "Order SNPs Now". Dersom denne er positiv så er du kommet så langt du kan komme i denne omgangen.

Er resultatet på den testen at du blir L257- så kan du fortsette med å teste Z372. Denne må du bestille via "Order An Upgrade" i øvre høyre hjørne av hjemmesiden. Siden du har testet Z18 vet du antagelig hvordan du bestiller.

Dersom både L257 og Z372 er negative så gjenstår det å teste Z14.

Dersom prosjektadministrator foreslår en annen rekkefølge så er antagelig det beste å følge anvisningen han gir.

[Paul Hofseth]

Det er en ekstra, meget god grunn til å bruke National Geographic; de bruker overskuddet fra (relativt) velstående slektsforskere til å teste alle mulige folkeslag som ellers neppe ville hatt råd til å gjøre slikt. dermed får verden et mer korrekt bilde av hele menneskehetens slektstre.

p.

[dn27099]

Det er en ekstra, meget god grunn til å bruke National Geographic; [...]

Det har du rett i, og jeg har brukt Geno 2.0 til å teste enkelte som ikke har tatt andre tester. Det er et godt alternativ til en første test for de nysgjerrige, særlig for menn.

For dem som allerede har tatt en del tester bør en velge videre testing med omhu, men kjøp gjerne en Geno 2.0 i gave til noen andre.

[6691]

Ja, da har jeg bestilt Z372 - også etter anbefaling fra administrator:

"My advice is order Z372 which we have predicted you to be positive for and then (assuming you are positive) order L257 which you should be negative for. Z14 is upstream of Z372 so a positive result for Z372 will mean you are positive for Z14 anyway".