SNP, STR og genetisk avstand

Moderator: MOD_DNA

Svar
6691
Innlegg: 73
Registrert: 16. februar 2005 kl. 22.13
Sted: TROMSØ
Kontakt:

SNP, STR og genetisk avstand

Legg inn av 6691 » 26. juni 2013 kl. 13.27

Det er litt vanskelig å stille fornuftige spørsmål når problemstillingene er så diffuse som de er nedenfor. Men jeg prøver likevel.

De opprinnelige DNA-testene tester dels SNP-er (”punktmutasjoner”) og dels STR-markører som er en DNA-sekvens (en kort nukleotidestreng) som gjentas et visst antall ganger på et bestemt område av et kromosom. En persons haplogruppe bestemmes av SNP-mutasjonene.

Jeg har sett at personer i samme haplogruppe (samme punktmutasjoner) ofte har forskjellige verdier på STR-markørene. Betyr dette at disse forskjellene på STR-markørene ikke er egentlige mutasjoner som teller ved fastsettingen av haplogruppen?

Forskjellene på STR-markørene mellom to personer som antas å ha felles ane (identisk haplogruppe), kan variere fra 1 til 6 når man summerer på allelene. Det er vel dette som kalles genetisk avstand. Hvordan skal man tolke et resultat der to personer har samme haplogruppe, men der den ”genetiske avstand” er f.eks. 2 eller 3?

dn25293
Innlegg: 257
Registrert: 17. mai 2010 kl. 18.14
Sted: Sveits

Re: SNP, STR og genetisk avstand

Legg inn av dn25293 » 26. juni 2013 kl. 19.56

Odd,
Spørsmålene dine er helt klare - ikke noen problemer der!

Som du sier bestemmer SNP mutasjonene en persons Haplogruppe. Den første mannen som har en bestemt mutasjon som starter en ny haplogruppe, gruppens stamfar, har også mange STR verdier. Alle som arver denne persons nye SNP, dvs har samme haplogruppe, arver også STR verdiene, men de muterer mye oftere enn SNPene så med tid/generasjoner vil mennene i denne haplogruppen ha forskjellige STR verdier, dvs det er en Genetisk Avstand mellom dem - husk at du må også ta med hvor mange markører har blitt testet. F.eks. i dag er mitt beste treff 61/67, dvs 61 av våre 67 STR markører er de samme

Forskerne har utarbeidet en "average mutation rate", gjennomsnitlig mutasjonshastighet(?) for STR mutasjonene og med den kan man da bruke statistikk til å utarbeide hvor nær slekt to menn er.

Hvis du går til siden http://dna-project.clan-donald-usa.org/tmrca.htm vil du finne et program som gir deg svar på utregningen. Hvis du setter inn mitt treff, 61/67, justerer Mutation rate, får du svaret 33 eller 34 transmission events. Da en transmission event kan hende i begge familiegrenene er svaret at jeg og mitt "genetisk søskenbarn" har en teoretisk MRCA, Most Recent Common Ancestor, ca 17 generasjoner tilbake. Men husk at dette bare er teoretisk, basert på probabiliy. I realitet kan det være ganske forskjellig.

Revisjon 1.
Hva jeg ikke gjorde klart var at det kan være forskjell mellom Genetisk Avstand og antall treff. Det hender av og til at en STR mutasjon "hopper" mer enn ett steg dvs forskjellen mellom far og sønn på en markør kan bli større enn 1, og som du sier i ditt innlegg er det summen av STR forskjellene som er Genetisk Avstand. Den websiden jeg ga ovenfor bruker imidlertid nummer av treff for å beregne MRCA.

6691
Innlegg: 73
Registrert: 16. februar 2005 kl. 22.13
Sted: TROMSØ
Kontakt:

Re: SNP, STR og genetisk avstand

Legg inn av 6691 » 27. juni 2013 kl. 9.55

Svein Olav,

Takk skal du ha.

Da forstår jeg forholdet mellom SNP- og STR-mutasjoner mye bedre, og altså at STR-verdiene muterer langt oftere enn SNPene (det burde jeg kanskje ha oppfattet før jeg spurte). Jeg forstår også begrepet "genetisk avstand" bedre, men her trenger jeg nok litt mer tid til å innse hvordan jeg skal bruke kunnskapen konkret på egne tester.
Sist redigert av 6691 den 28. juli 2013 kl. 10.20, redigert 1 gang totalt.

dn25293
Innlegg: 257
Registrert: 17. mai 2010 kl. 18.14
Sted: Sveits

Re: SNP, STR og genetisk avstand

Legg inn av dn25293 » 29. juni 2013 kl. 20.54

Odd,

Det er ikke så vanskelig å komme litt lengre med de treff du har.

Log-in på en av de FTDNA prosjektene du deltar i, jeg kan se dine Norway Project treff da jeg er en av Co-Admins for det prosjektet, men du vil ha de samme treff på alle prosjektene for dine resultater er bestandig sammenlignet med hele databasen.

Når du klikker på Y-DNA matches vil du finne at du har to treff, begge med en genetisk avstand på 6. En er en amerikaner, den andre norsk. Hvis du klikker på TiP boksen vil du finne at dette gir en ca 68-70% mulighet for at dere har en MRCA 16 generasjoner tilbake, dvs ca 400 år, og en 95% mulighet 24 generasjoner tilbake.

Du vil finne at den norske mannen du har treff med er med i både Norway og R1b-U106 prosjektene så du kan lett følge opp med han for å se om dere har en mulig felles ane 400 år tilbake.

Hvis du har noen problemer bare spør!

Good hunting.

Svar

Gå tilbake til «Y-DNA - direkte farslinjer»